新一代测序技术组装拼接软件velvet使用简介
目前用于新一代的测序的主要仪器有Illumina/Solexa的Genome Analyzer、ABI的Solid和Roche的454，它们都能高通量的测序，产生大量的测序结果，接下来就要对序列进行拼接，用于拼接的软件也有很多，比如velvet、soap、abyss、maq等，454的还有专门的newbler。平时用velvet比较多，就简单介绍一下。...
View Article序列拼接软件velvet 1.0.14发布
这个版本主要是修正了几个bug，加了一些小功能： 1、重新加入了每个标准输出信息的时间戳； 2、在帮助增添了对于k-mer长度的说明； 3、捕获写文件时发生的错误； 4、修正文件访问权限； 5、消除编译时的警告和错误； 6、修正一个死循环的bug； 7、修正一个内存溢出问题；...
View Article应用于第二代测序技术的生物信息学工具[zz]
刚才闲逛发现了这篇被多家博客转载的文章，来自于SEQanswer，总结地比较全面，不过已经比较老了，随便看看~ Integrated solutions * CLCbio Genomics Workbench – de novo and reference assembly of Sanger, Roche FLX, Illumina, Helicos, and SOLiD data....
View Article用Amos软件包里面的minimus2合并454和Illumina/Solexa拼接得到的contig
用罗氏454测序得到的序列用newbler拼接的效果最好，而用短序列拼接软件velvet拼接效果很差，所以不能将454的原始reads和Illumina产生的reads合到一起后用velvet进行拼接。在用newbler和velvet分别拼接454和Illumina的reads得到contigs之后，我们就需要将两者的contig再合并起来，得到更好的拼接结果。这里就介绍一个简单易用的软件minim...
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